A apuração dos votos já começou em alguns municípios do Maranhão, como é o caso de Balsas, Bom Jardim, Caxias, Pinheiro e Vitorino Freire. No total, são 733 candidatos querem ocupar espaço nas prefeituras do Estado e 18204 candidatos a vereadores disputam lugares nas Câmara de Vereadores. O resultado começou a ser apurado a partir das 17h. Os eleitores tiveram a chance de realizar os votos desde às 8hrs.
Nestas eleições de 2016, os eleitores escolheram seus candidatos através do voto e dentro de seus próprios municípios. O segundo turno é realizado apenas nos municípios com mais de 200 mil eleitores em que nenhum dos candidatos consiga a maioria absoluta, ou seja 50% dos votos válidos mais um. Os dois candidatos mais votados no primeiro turno disputam o segundo turno entre si.